BIOINFORMATICA

Obiettivi formativi

CONOSCENZA E COMPRENSIONE L'obiettivo principale del corso è fornire agli studenti gli strumenti necessari per un'analisi dettagliata e critica della struttura delle proteine e dei loro complessi macromolecolari utilizzando Bioinformatica. La prima parte del corso è dedicata alla teoria degli algoritmi di Bioinformatica. Durante la seconda parte del corso, gli studenti sono istruiti con esercizi pratici sull'analisi strutturale di modelli proteici mediante software open source. Il corso consiste in lezioni che coprono i principali argomenti del programma e le esercitazioni pratiche. Gli esercizi sono svolti in una sala computer con l'uso di software open source per la visualizzazione della struttura tridimensionale di macromolecole. Oltre ai libri di testo, gli studenti hanno accesso a diapositive delle lezioni, articoli scientifici e altre risorse didattiche rese disponibili attraverso questo sito web. APPLICARE CONOSCENZA E COMPRENSIONE L'obiettivo formativo del corso è quello di ottenere le conoscenze necessarie per un'analisi critica della struttura delle proteine e delle loro interazioni. Alla fine del corso gli studenti avranno acquisito le competenze necessarie per affrontare l'analisi e lo studio sperimentale di macromolecole biologiche. Impareranno come recuperare le coordinate di proteine e acidi nucleici dal database PDB, riconoscere il fold e utilizzare il software per un'analisi dettagliata della loro struttura. FARE GIUDIZIO Il corso mira ad aumentare la capacità di analizzare criticamente la sequenza e la struttura delle proteine e di altre macromolecole biologiche. ABILITÀ COMUNICATIVE Il corso include una significativa attività di discussione in aula volta a sviluppare la capacità degli studenti di trasferire le competenze acquisite a supporto dei loro argomenti. Nell'esame finale, gli studenti devono risolvere i problemi ed eventualmente fare una presentazione orale sulla struttura e la funzione di una proteina assegnata. CAPACITÀ DI APPRENDIMENTO I numerosi progressi della ricerca scientifica, in particolare nel campo della bioinformatica, della biochimica e della biologia molecolare, richiedono un costante aggiornamento. Per questo motivo, il corso si propone di fornire gli strumenti necessari per ottenere una conoscenza più ampia e per allineare le competenze al progresso della ricerca in biologia e bioinformatica.

Canale 1
ALESSANDRO PAIARDINI Scheda docente

Programmi - Frequenza - Esami

Programma
Introduzione alla bioinformatica; Banche di dati biologici; Confronto di due sequenze: matrici a punti, algoritmi dinamici; Significatività statistica di un allineamento; Matrici di punteggio (PAM e BLOSUM); Ricerche in banche dati per somiglianza di sequenza (FASTA e BLAST); Allineamenti multipli di sequenze e cenni alla filogenesi molecolare; Ricerche con profili e PSI-BLAST; Motivi di sequenza; Predizione e analisi genica (cenni); Previsione della struttura secondaria, dell’accessibilità con le reti neurali. Previsione delle eliche transmembrana. Evoluzione strutturale delle proteine. Previsione della struttura tridimensionale di una proteina: modellizzazione per omologia; Threading; Previsione della struttura tridimensionale con tecniche ab initio (cenni); Meccanica molecolare; Docking e ricerca farmacoforica; progettazione di farmaci; un linguaggio di programmazione: Python. Uso di programmi di grafica molecolare.
Prerequisiti
Conoscenze di base di Chimica, Matematica, Fisica, Chimica Organica, acquisite nei corsi degli anni precedenti.
Testi di riferimento
Stefano Pascarella, Alessandro Paiardini - Bioinformatica - Zanichelli, 2010
Modalità insegnamento
Il corso consiste in lezioni e seminari che coprono i principali argomenti del programma e sessioni pratiche. Le sessioni pratiche vengono svolte in una sala computer con l'utilizzo di software open source per la visualizzazione della struttura tridimensionale delle macromolecole.
Frequenza
La frequenza al corso non è obbligatorio, ma vivamente consigliata
Modalità di esame
Prova finale: Esercizi al PC + esame orale
Bibliografia
https://elearning.uniroma1.it/course/view.php?id=4942
Modalità di erogazione
Buona parte del corso sarà svolta presso l'aula informatizzata del Dip. di Scienze Biochimiche "A. Rossi Fanelli" (II piano delle aule prefabbricate sul retro del Dipartimento)
  • Anno accademico2025/2026
  • CorsoBiotecnologie
  • CurriculumCurriculum unico
  • Anno3º anno
  • Semestre1º semestre
  • SSDBIO/10
  • CFU6