Biotecnologie e Genomica per l'industria e l'ambiente

-Obiettivi generali: L'illustrazione teorica dei principi alla base delle principali metodologie utilizzate in genomica funzionale sarà complementata da alcune esercitazioni pratiche sull'uso di software di analisi e in seguito dalla discussione di lavori presi dalla letteratura recente. In tal modo lo studente potrà sviluppare un'attitudine ad interpretare i lavori di genomica funzionale con spirito critico e a pesare il valore e la portata di analisi di quel tipo. - Obiettivi specifici: 1.Conoscenza e comprensione: Lo studente dovrà conoscere i principi di base, le potenzialità e le possibili criticità delle tecniche di genomica funzionale più utilizzate 2.capacità di applicare conoscenza e comprensione: Lo studente dovrà essere in grado di applicare queste conoscenze all'interpretazione critica di lavori recenti presenti nella letteratura scientifica 3.capacità critiche e di giudizio: Lo studente dovrà dimostrare capacità critiche e di giudizio nel valutare l'impatto e la solidità di lavori presentati di recente nella letteratura scientifica e 4. di saper comunicare al docente e ai colleghi le sue conclusioni 5. Lo studente dovrà dimostrare capacità di proseguire l'applicazione degli strumenti di analisi appresi (software specifici, disponibili gratuitamente in rete) nel suo lavoro sperimentale. Tecniche ad ampio spettro di Genomica Funzionale: Microarrays and next generation sequencing 0.3 CFU Tecnologie basate su DNA microarrays 0.3 Selezione Target, marcatura ed ibridazione dei probe 0.3 Normalizzazione e filtraggio statistico dei dati 0.2 Softwares per analisi microarray 0.4 False discovery rate e significatività dei dati 0. 2 Metodi di Gene clustering 0.4 Gene ontology 0.4 Meta-clustering and meta-analysis 0.3 Biomarcatori per le patologie 0.2 Metodologie per RNAseq 0.2 Pipeline for processing RNAseq data 0.2 Database di dati trascrittomici 0.2 Database di organismi modello 0.2 Immunoprecipitazione della cromatina ChIP 0.2 Mappatura genomica di proteine (ChIP on chip and Chipseq) 0.2 Studio delle interazioni genetiche tra proteine 0.2 Studio delle interazioni fisiche tra proteine 0.2 Organizzazione della cromatina 0.5 Tecniche di analisi della cromatina 0.3 Tecniche di analisi single cell 0.2 Modelli per systems’ biology 0.2 Tecniche di analisi del Microbioma 0.2

Conoscenze di base di Biologia Cellulare e Molecolare. Elementi di Statistica.

Non ci sono testi ma materiale didattico disponibile su Moodle e-learning

Lezioni in presenza

4 ore settimanali

Presentazione e discussione di lavori di Genomica Funzionale tratti dalla letteratura scientifica

Lezioni frontali ed esercitazioni al computer